経常費補助金をはじめ、さまざまな補助金の申請を行い、そして交付を受けていると思います。そして交付を受けた後に実績報告書を提出すると思います。
　その実績報告書の書き方によって、消費税の納付額が大きく変わることがあります。
　それ以前に消費税は原則課税を選択していないとおかしいです。基本的には納付額が少なく有利です。今までの申告書の控えの右上に”簡”という字が書いてあれば簡易課税、書いてなければ原則課税です。
　消費税の申告は原則課税だという前提でこの話が成り立ちいますのでご確認ください。
　そして、消費税の申告が簡易課税であったというならば、大至急見直しをしてみてください。納付額がかなり減ると思います。
　学校法人の場合の計算は特殊な方法を用いますので、ご注意ください。