還付加算金は、納めすぎていた税金に対する一種の利息で、還付加算金を計算する際の起算日については、国税通則法に還付金及び過誤納金(還付金等)の区分によりその起算日が定められています。
適用法律で起算日に差異
また、国税通則法では、他の国税に関する法律に別段の定めがある場合には、その定める期間とし、個別税法の優先の規定をおいています。
通則法では、職権による更正の場合の申告納税額の過誤納金の起算日は、その更正があった日の翌日から起算して1月を経過する日の翌日とし、また、更正の請求による場合の過誤納金の起算日は、更正の請求があった日の翌日から起算して3月を経過する日とその更正があった日の翌日から起算して1月を経過する日とのいずれか早い日の翌日、と定めています。
一方、法人税法、消費税法では、同じ職権による更正であっても、もちろん、還付が過誤納金か還付金かの違いはありますが、中間納付額の還付又は控除不足額の還付に対する起算日は、中間納付額の納付の日(納付が納期限前であれば納期限)の翌日からその還付のための支払を決定する日と定めています。少なくとも、起算日から還付日までの日数は6ヶ月以上あります。
更正(職権)に基づく中間納付額の還付
このように、更正に基づく中間納付額の還付金の起算日は、法人税法及び消費税法で定められた期間は長く、結果、還付加算金も多くなります。これは適用法律の違いによる差異であって、法律上、何が問題となるのか、ということも言えますが、会計検査院は次のような指摘をしました。
会計検査院の指摘
更正に基づく中間納付額の還付金及び申告納税額の過誤金は、いずれも確定申告により適法に確定し納付された国税を還付するもので、また、いずれも税務当局において還付金等の発生が認識できないものであり、かつ、手続き的にも同じである。にもかかわらず、還付の対象が納税額本体の場合は国税通則法が適用され、その対象が中間納付額の場合は各税法が適用されている。これでは、制度適用の均衡を欠いており、かつ、税の節減も図られていない。
会計検査院は、この起算日の適用の仕方に問題があると指摘し、財務大臣に是正を求めました。これからの税調の審議が気になるとろです。